Die Gesellschafterversammlung als formal oberstes Organ der gGmbH setzt sich zusammen aus den jeweiligen Vorsitzenden der Vereine, namentlich Prof. Dr. Jörg Junhold, PD Dr. Mark-Oliver Rödel, Dr. Markus Monzel und Marco Schulz.
Als Kontrollorgan wurde ein Aufsichtsrat unter dem Vorsitz von Dr. Tim Schikora (Direktor Zoo Schwerin) eingerichtet, in dem neben Vertretern der Gesellschafter weitere zentrale inhaltliche und finanzielle Partner eine Stimme erhalten.  
Das operative Geschäft wird im Rahmen einer Leitungsvereinbarung im gemeinsamen Betrieb zwischen Frogs & Friends und Citizen Conservation unter der Geschäftsführung von Björn Encke geführt. 

Der Wissenschaftliche Beirat dient der Unterstützung der Geschäftsführung bei der fachlichen und unternehmerischen Weiterentwicklung von CC. Ihm gehören neben diversen Einzelpersonen auch die jeweiligen Fachbeiräte für die einzelnen Tiergruppen an. Diese setzen sich aus privaten und institutionellen Experten zusammen und sind maßgeblich an der Auswahl der Arten sowie der Ausgestaltung der CC-Programme beteiligt.